Este sistema fue instituido por la Organización Mundial de la Salud y ha sido adoptado en Europa.

A cada fármaco le corresponde un código ATC y éste se especifica en su Ficha Técnica. Cada código tiene 5 niveles, expresados por 7 dígitos alfanuméricos con arreglo al sistema u órgano diana y al efecto farmacológico, las indicaciones terapéuticas y la estructura química del medicamento.

Los fármacos se clasifican según su principal indicación terapéutica. Un mismo principio activo puede tener más de un código ATC, si éste se emplea en indicaciones diferentes o en formas farmacéuticas diferentes.

Ejemplos: